Theo Ban chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn (PCTT&TKCN) TP. Hà Nội, mực nước sông Cầu tại Lương Phúc lúc 22h40 ngày 9/9 là 8,02m (mực nước báo động 3 là 8m). Do đó, Ban Chỉ huy PCTT&TKCN thành phố lệnh báo động 3 trên sông Cầu, lúc 22h40 tại các xã ven đê thuộc huyện Sóc Sơn.
Ngoài ra, một khu vực tại xã Lại Vật, huyện Ba Vì bị cô lập do nước dâng cao. Theo đó, Ban Chỉ huy PCTT&TKCN thành phố yêu cầu UBND huyện Sóc Sơn và các ngành đóng tại địa bàn thực hiện nghiêm những quy định khi có báo động 3.
Do ảnh hưởng của bão số 3, Ban Chỉ huy PCTT&TKCN Hà Nội đề nghị UBND các quận, huyện, thị xã căn cứ tình hình thời tiết, thiên tai, chủ động kiểm tra, rà soát, sẵn sàng triển khai các kế hoạch, phương án hộ đê, phương án ứng phó với thiên tai theo phương châm "4 tại chỗ" phù hợp với địa bàn; tổ chức thông báo ngay đến người dân, các tổ chức có hoạt động ở khu vực bãi sông; không để người dân đến những khu vực bị ngập, có nguy cơ sạt lở; sẵn sàng triển khai phương án sơ tán, đảm bảo an toàn đối với người dân ở những khu vực nguy hiểm, khu vực có địa hình trũng, thấp dễ xảy ra ngập sâu, cô lập, khu vực sát bờ sông, khu vực có nguy cơ sạt lở nguy hiểm như: khu vực bãi giữa sông Hồng trên địa bàn các quận: Tây Hồ, Ba Đình, Long Biên...
Yêu cầu Chủ đầu tư các công trình đang thi công trên sông, ven sông, các chủ phương tiện vận tải thủy chủ động triển khai các biện pháp đảm bảo an toàn cho người, phương tiện, thiết bị và công trình; rà soát, sẵn sàng phương án đảm bảo an toàn cho các cơ sở nuôi trồng thủy sản trên sông, hoạt động sản xuất kinh doanh, khai thác khoáng sản, sản xuất nông nghiệp ở bãi sông...; chủ động thu hoạch hoa màu ở những vùng bãi thấp, trũng có nguy có bị ngập lũ.
Kiểm tra chặt chẽ hoạt động của các đò ngang, đò dọc, các phương tiện nổi trên sông để đảm bảo an toàn cho người, phương tiện; cần thiết tạm ngừng hoạt động để đảm bảo an toàn.
Đồng thời có phương án bảo vệ tài sản, kho tàng, hàng hóa của nhà nước và nhân dân ở những vùng có khả năng bị ảnh hưởng của lũ; di chuyển chất cháy, nổ, hóa chất độc hại ra khỏi vùng bãi sông; đảm bảo an toàn về điện.
Tăng cường công tác kiểm tra hệ thống đê điều, kịp thời phát hiện và xử lý các sự cố về đê điều ngay từ giờ đầu; chuẩn bị đầy đủ lực lượng, vật tư, phương tiện sẵn sàng ứng phó đối với những tình huống xấu có thể xảy ra; thực hiện nghiêm công tác tuẩn tra, canh gác bảo vệ đê điều trong mùa lũ theo đúng quy định.