Theo Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn quốc gia, hồi 4h ngày 6/9, vị trí tâm siêu bão ở vào khoảng 19,2 độ Vĩ Bắc; 112,7 độ Kinh Đông, trên vùng biển phía bắc khu vực bắc Biển Đông, cách đảo Hải Nam (Trung Quốc) khoảng 200 km về phía đông đông nam; cách Quảng Ninh khoảng 620 km về phía đông nam.
Sức gió mạnh nhất vùng gần tâm siêu bão mạnh cấp 16 (184-201 km/giờ), giật trên cấp 17, di chuyển theo hướng tây, tốc độ khoảng 20 km/giờ.
Trên biển, khu vực bắc Biển Đông có gió mạnh cấp 11-14, vùng gần tâm siêu bão đi qua cấp 15-16, giật trên cấp 17; biển động dữ dội. Từ khoảng trưa ngày 6/9, vùng biển phía đông của vịnh Bắc Bộ (bao gồm huyện đảo Bạch Long Vỹ) có gió mạnh dần lên cấp 6-7. Từ tối và đêm 6/9, khu vực vịnh Bắc Bộ (bao gồm huyện đảo Bạch Long Vỹ, Cô Tô) gió mạnh dần lên cấp 8-9, sau tăng lên cấp 10-11, vùng gần tâm bão đi qua cấp 12-14, giật cấp 17; biển động dữ dội.
Trên đất liền vùng ven biển từ Quảng Ninh đến Thanh Hoá có gió mạnh dần lên cấp 6-7, sau tăng lên cấp 8-9, vùng gần tâm bão cấp 10-12, giật cấp 14; khu vực sâu trong đất liền phía Đông Bắc Bộ có gió mạnh cấp 6-8, giật cấp 9-11 (Thời điểm gió mạnh nhất trong khoảng từ sáng đến chiều tối ngày 7/9).
Khu vực Bắc Biển Đông có sóng biển cao 7-9 m, vùng gần tâm siêu bão 10-12 m. Biển động dữ dội. Từ trưa 6/9, khu vực vịnh Bắc Bộ (bao gồm huyện đảo Bạch Long Vỹ, Cô Tô) sóng cao 2-4 m, sau tăng lên 3-5 m, vùng gần tâm bão đi qua 6-8 m. Từ đêm 6/9 và gần sáng ngày 7/9, vùng biển ven bờ từ Quảng Ninh đến Thanh Hoá sóng cao 2-3 m, sau tăng lên 2-4 m, vùng gần tâm bão 3-5 m.
Khu vực ven biển từ Thanh Hoá đến Quảng Ninh cần đề phòng nước dâng do bão cao từ 0,5 m (Thanh Hoá); 1,8 m (Quảng Ninh) vào chiều và đêm ngày 7/9 và nước rút do bão, khoảng 0,5m (Thanh Hoá); 1 m (Quảng Ninh) xuất hiện vào sáng ngày 7/9.
Các khu vực neo đậu tàu thuyền, khu nuôi trồng thuỷ sản, các tuyến đê, kè biển trong vùng nguy hiểm nói trên đều có khả năng chịu tác động của gió mạnh, sóng lớn và nước dâng/rút do bão.
Các khu vực trũng, thấp ở ven biển, cửa sông đề phòng nguy cơ ngập do nước dâng và sóng lớn.
Từ đêm ngày 6/9 đến sáng ngày 9/9, ở khu vực Bắc Bộ và Thanh Hoá có khả năng xuất hiện một đợt mưa to, cục bộ có nơi mưa rất to và dông với tổng lượng mưa phổ biến từ 100-350 mm, có nơi trên 500 mm (mưa lớn nhất ở phía đông Bắc Bộ tập trung trong ngày và đêm ngày 7/9; phía tây Bắc Bộ từ tối ngày 7/9 đến đêm ngày 8/9). Mưa lớn có khả năng gây ra tình trạng ngập úng tại các vùng trũng, thấp; lũ quét trên các sông, suối nhỏ, sạt lở đất trên sườn dốc.
Do ảnh hưởng của hoàn lưu bão rộng, cần đề phòng nguy cơ xảy ra dông, lốc và gió giật mạnh cả trước và trong khi bão đổ bộ.
Chiều 5/9, Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà đã chủ trì cuộc họp trực tiếp kết hợp trực tuyến về diễn biến cơn bão số 3 (Yagi), công tác chuẩn bị ứng phó tại các tỉnh Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ.
Tại cuộc họp, Phó Thủ tướng nhấn mạnh yêu cầu đề cao tinh thần cảnh giác, phát huy "4 tại chỗ" kịp thời, chính xác, phối hợp nhịp nhàng trong công tác ứng phó với bão số 3.
Đồng thời, Phó Thủ tướng cũng yêu cầu các bản tin, thông tin dự báo bão phải cụ thể, dễ hiểu, đơn giản để người dân chủ động phòng tránh; tăng cường các bản tin dự báo, thường xuyên trao đổi, làm việc với trung tâm dự báo các nước.
Nhấn mạnh phương châm chủ động phòng ngừa, Phó Thủ tướng đề nghị các cấp, các ngành, các địa phương triển khai tất cả các biện pháp, nhất là 2 công điện của Thủ tướng Chính phủ; có sự phân công trách nhiệm rõ ràng, chỉ đạo, kiểm tra, dôn đốc sát sao, thực hiện nghiêm theo phương châm "4 tại chỗ", chủ động.
Với vùng hoàn lưu rất lớn, Phó Thủ tướng cho rằng các địa phương phải chuẩn bị ứng phó với mưa lớn sau bão, tình trạng ngập lụt tại các đô thị, khu dân cư, nguy cơ sạt lở, lũ ống, lũ quét tại khu vực miền núi, có địa hình hiểm trở, độ dốc lớn.
Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà yêu cầu các địa phương thực hiện quyết liệt các giải pháp di dời người dân ở khu vực xung yếu, còn ở trên lồng bè nuôi trồng thủy sản, trên các tàu thuyền neo đậu ven bờ, khách du lịch hiện còn ở trên các đảo ven bờ.